“中国期刊方阵”的基本框架分为4个层面，形成宝塔形结构。

第一个层面为“双效”期刊。以全国现有8135种期刊为基数，按10%—15%的比例选取社会效益、经济效益好的1000余种期刊，作为“中国期刊方阵”的基础。通过各省（区、市）和中央部委评比推荐产生。

第二个层面为“双百”期刊。即通过每两年一届评比产生的百种重点社科期刊、百种重点科技期刊。每届进入全国“双百”重点期刊数量控制在200种左右。

第三个层面为“双奖”期刊。是全国“双百”重点期刊基础上评选出的国家期刊奖、国家期刊奖提名奖的期刊。此类期刊约100种左右。

第四个层面为“双高”期刊，即高知名度、高学术水平的期刊。此类期刊约50种左右。

建设“中国期刊方阵”的运作步骤采取分级负责的形式，各省的“双效”期刊由省级新闻出版管理部门按照规定比例推荐，入选期刊必须是省、部级以上优秀期刊，或有希望成为优秀期刊者。“双奖”和“双百”期刊通过评选产生。“双高”期刊由新闻出版总署、科技部确定，入选期刊均为国内知名品牌期刊。